Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄＆ラボでの生活、等について伺いました（7/9収録）
Show Notes:
- 齋藤さん過去インタビューその１ スイス留学開始直後
- 過去インタビューその２ Ph.D.の論文出版直後
- 過去インタビューその３ ボストン留学開始直後
- 独立記念日の花火＠ボストン
- たまや、かぎやの由来
- George Church
- Jennifer Doudna
- のThe Code Breaker
- SHEROCKによるCOVID-19の検出
- SHEROCK元論文
- Broad Institute
- Feng Zhang
- FMI
- 早稲田の先進理工学部の生命医科学科
- 数学オリンピック
- 早稲田大学 先進理工学部 数学オリンピック入試（入試フリーとか軽く言ってますが、ペーパーテストがないというだけで、面接試験はあります。by齋藤さん）
- 大学への数学
- 岡田康志先生
- 廣川信隆先生
- 九大医学部生命科学科 2007年から
- 同志社 脳科学研究科
- City of Hope
- 楽しかった研究@早稲田仙波研
- FMI指導教官、Patrick Matthias
- UCSD Biological Sciences Ph.D. Program
- Salk Institute
- 宮脇さんにファンがいる！？回
- MGH: Massachusetts General Hospital
- Ph.D.のプロジェクト
- HDAC(Histone deacetylase)のreview
- デンマークのノボノルディスクが作ったプロテオミクスのリサーチセンター
- アセチロームの解析をやっているChunaram Choudhary
- HDAC6のKOマウスを作った時にtubulinのアセチル化が見えた
- ミトコンドリアにあるタンパク質は結構アセチル化されている
- Western blottingだけで2年間にノートを7冊くらい使って（Photo courtesy: Patrick Matthias）
- 一番のcandidateタンパク質のintrinsically disordered region…の論文
- Liquid-liquid phase separationとintrinsically disordered regionのreview
- Steven McKnight
- 加藤さんの仕事（実際にきっかけとなったのは、FUSのリン酸化ではなくGYGモチーフに関するmutagenesisの実験でした。by齋藤さん）
- FUSのIDRがリン酸化を受けて凝集に関わる…の論文（記憶が曖昧でした。。。リン酸化について言及されたのは加藤さんのCell論文よりも5年後でした。by齋藤さん）
- ストレス顆粒とは（wikipedia）
- 三宅さんの仕事
- Whitehead Institute
- David Baltimoreのノーベル賞ホームページ
- David Liu
- SNF: Swiss National Science FoundationのPostdoctoral Fellowship
- はんたー試験
- Human Frontier の話：Investigating archaeal horizontal gene transfer systems towards universal delivery tools
- CAST(CRISPR-associated transposase/transposon): CRISPR-CasエフェクターがトランスポゼースをcrRNAの標的部位へと誘導して転移するトランスポゾン。
- 最初のペーパー(CAST V-K)
- CRISPRのタイプ分類についてのレビュー
- CAST I-F
- Sam Sternberg
- この2つのCAST I-Bオルソログがダメだったらこのプロジェクト終わり！
- CAST I-B: 齋藤さんらが今回の論文で報告したシステムのこと
- Dual Modes of CAST Homingの論文＠Cell
- Tn7: トランスポゾンの一種で、TnsA,B,Cが協働し、特定の配列を認識するTnsDと協働することで特定の場所（glmS）に転移するか、あるいはTnsEと協働することで接合時のプラスミドへと転移する。
- ２つのターゲットセレクター・アダプター分子（TniQとTnsD）: TniQはTnsDのホモログ。CAST I-Bには2つのTniQがあることが知られていたが、その一方は本来のTn7のTnsDと配列が似ており、同様の働きをしていることが上記論文で明らかになりTnsDに再命名。
- Joe Peters @ Cornell
- のCell論文
- bioRxiv版
- Star Wars: Equally contribution（の注釈、即ち*）を争う戦いのこと
- HDR: Homology Directed Repair（wikipedia）
- HITI: homology-independent targeted integration
- CRIS-PITCh
- SLENDR
- vSLENDR
- Cascade(CRISPR-associated complex for antiviral defense): Type I CRISPRシステムで見られるCasタンパク質とcrRNAからなる複合体。
- CAST I-FのQCascade複合体の構造(cryo-EM)
- REとLE: Tn7/CASTのトランスポゾン配列の両端に存在し、トランスポゼースに認識される、転移に不可欠な配列。
- Inverted Terminal Repeats: DNAトランスポゾン配列の両端にしばしば見られる、似た配列が片方の末端ともう片方の末端で逆向きに存在している構造のこと。
- Prime Editing
- Twin Prime Editing
- と似たような方法論、PASTE
- ボストン日本人研究者交流会
- こうせきさん
- Horizontal Gene Transfer (HGT): 親から子への遺伝子の受け渡し（遺伝）に対して定義される、生物個体間で起こるプラスミドなど遺伝子の受け渡しのこと。
- 利己的な遺伝子
- （スペーサーの）獲得機構: CRISPR-Casシステムにおいて外来遺伝子をCRISPRアレイにスペーサーとして取り込むのに必要なタンパク質群。
- DNA Microscopy
- Joshua Weinstein
- 天才っぷりが炸裂するセミナー動画
- PEG10の論文
- The nine types of principal investigators
- Karl, Ed, Fengがオプトジェネティクスに手を出した時期
- David LiuがやってるみたいにDirected Evolutionを：例えばこれ
- クマムシみたいなやつを…
- Yume wo Katare：ボストンの二郎系ラーメン屋さん。夢が語れる
- Fengオススメの中華料理屋の例
Editorial Notes:
- バーゼルでPh.D.課程在籍時に萩原と出会い、ポスドクとしてボストンに来て宮脇さんと出会い、とNeuroRadioに出ることが運命づけられていた気がします。。。宮脇さんにスクープされないよう、引き続きCAST頑張ります！（齋藤）
- 僕もうちのラボの人もCASTやってないですw（宮脇）
- 久々の齋藤さんのテンションを経験して懐かしい気持ちになりました。（萩原）
