Podcast
#27 A ‘Rosetta Stone' for neuroscience
2021-10-12
Brain Initiative Cell Census Network (BICCN) のNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました（10/10収録）
Show Notes
- 〇雑談パート
- トム：Thomas Mrscic-Flogel
- マイケル：Michael Hausser
- Wyss Center
- SfN: 2021年の北米神経科学会、11/8-11開催だが in person meetingの中止を10/8に発表、現状（10/10）リファンド無し
- 11月以降に（ポリシーが）変わる
- 沖縄での学会の要旨提出：去年は２月上旬締切
- アメリカのブースター：３回目は接種完了半年じゃなくて８カ月後から、全員ではなく感染リスクが高い職場で働く人、でした汗
- 人類最前線：HFSP のpostdoctoral fellowship
- さいとーさん
- HFSPでのさいとーさんの提案
- Feng Zhang ラボHP
- FMIでの仕事の例
- 苅郷さん
- 五十嵐さん
- 10/20 に出る実験医学
- 〇The Allen Instituteとは
- この前Natureに出たBrain Initiative の Cell Census Network
- PIEZOとかTRPVのノーベル賞
- Allen Institute（全部）
- Paul Allen
- Mesoscale Connectomeの仕事
- 深海調査・武蔵の回収
- Allen Institute for Brain Science
- Allen Institute for Cell Science
- Allen Institute for Immunology
- Allen Institute for Artificial Intelligence
- Semantic Scholar
- Allen NLP
- Allen Institute for Neural Dynamics
- マウスラインですらCell (Tigre2.0)
- Allen InstituteのMouse Line一覧
- DevlopmentalなISH
- Ai9 と Ai14
- Rosa26を使いましょうの論文 2010Madisen et al NN
- ISH Brain Atlas
- Connectivity Atlas
- Cell type database
- Brain ObservatoryCa Imaging: Saskia de Vries 2020
- Neuropixels: JH Siegel et al. 2021
- Observatories of the mind Christof Koch & R. Clay Reid 2012 “Neurophysiologists are more likely to use each other's toothbrushes than each other's data and software”
- Tasic 2016
- Tasic 2018
- 〇BICCNイントロ
- ベン・バレス
- ハラッサ
- マレンカ
- A Rosseta Stone of Neuroscience
- Common Coordinate Framework
- Silvia ArborのNatureでのCommentary
- BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図（このページの下の方）
- BICCNやってる人たち一覧
- 〇17報の論文：並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変
- Flagship paper：Motor cortexの論文群をまとめたやつ。A multimodal cell census and atlas of the mammalian primary motor cortex とりあえず全容をつかみたい人向け
- Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ５０万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付けSingle cell fusion (SCF) の元論文
- LIGERの元論文
- AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっているSNARE-seq：同一細胞から直接RNAとアクセシビリティを読む手法
- Allen Instituteが見つけてきたエンハンサー
- SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。CH-DMG：differentially CH-methylated genes （Mってなんだっけはやばい発言だった…）
- CG-DMR：CG-differentially methylated region
- sn-m3c-seq
- Eckerはもともと植物
- のぼりさん
- UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq
- シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISHMrsic-Flogelが視覚皮質で示している
- ジャボドンはこの２本をさらに発展させている その１ その２
- MERFISHが（脳で）動くよの論文
- FISSEQ
- BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq
- Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル（主に側頭葉の一部）
- CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。Mouselight30842-6)
- 2p-fMOSTの初出？ micro-optical sectioning tomographyでMOSTなので、撮像方法は2pだろうがconfocalだろうがなんでもいいらしい。勘違いしていた。 reviewはこれがよくまとまってる
- Pavel Osten の仕事
- BARseq
- HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。MORF (mononucleotide repeat frameshift)っていう、レポーターの方で、フレームシフトが起こったときにだけ発現が起こる仕組み
- Claustrumのminiscope
- SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング＆メチローム：Epi-retro-seqCre依存的に核膜に蛍光タンパクとmycタンパクを発現するマウスINTACT
- AAV-retro：逆行性に飛ぶAAV
- CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話Josh Huangがこれまでやってきた仕事、例えばこれ
- UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network：大脳皮質-基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが６つのサブネットワークに分かれるdorsal striatumを29個に分けた前報：The mouse cortico-striatal projectome
- UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較
- UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq
- BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた
- 〇BICCN関連のデータリポジトリ
- NeMO: Neuroscience Multi-Omic Archivesc/snRNA-seq, sc/sn ATAC-seq, snmC-seq2のデータ
- BIL: Brain Image Library投射先トレーシングとかのデータ
- DANDI: Distributed Archives for Neurophysiology Data Integration in vitro ホールセル記録データ
- 〇アフターディスカッション
- Brain/MINDS
- Jim Berg
- Toliasのと一緒に出てたAllenから出てたGouwens et al.
- Blue Brain Project01191-5)
- BBPのドキュメンタリー in silico についての記事
- Ed LeinのAltzheimerグラント
- IBL
- NatureのEditorが色んな人にインタビューしてた記事
- Movshon vs Seung
- I am my connectome
Editorial Notes
- 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原)
- Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第４回、Spatial Transcriptomeについて扱った第５回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇)