東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録)
Show Notes:
- 加藤研
- 加藤さん過去インタビュー 1 2
- ChRmineの論文
- 坂野研＠福井大
- 濡木研
- Brian Kobilkaラボ
- β2受容体のクローニング論文 1986
- 結晶構造解析の論文 2007 3.4 Å/3.7 Å 改変体で2.4 Å ＆B2B
- Gタンパク質複合体との構造解析
- Brianノーベル賞のページ
- 2012年のNature論文（ChR1とChR2のキメラ、C1C2の構造解析）
- の新着論文レビュー
- Channel Rhodopsin 1発見論文
- Channel Rhodoosin 2 発見論文
- D-labでの応用
- 八尾研での応用
- Zhuo-Hua Panラボでの応用 競合の小噺
- Alexander Gottschalkラボでの応用
- Hartmut Michel
- Raymond Stevens
- 横山茂之先生
- 2007年のNatureの論文
- アントワン
- Luis de Leceaラボ
- Feng Zhangラボ
- 服部素之さん
- Eric Gouauxラボ
- AMPA受容体, NMDA受容体, セロトニントランスポーターの仕事
- 名古屋大のAndrés Maturanaさん
- 1985年のHartmut Michelの仕事
- タンパク質結晶化の基礎と蒸気拡散法の解説 (pdf注意)
- 芳賀先生 ムスカリン性アセチルコリン受容体論文Nature 1985
- 芳賀先生のNature 2012 （註：だいぶ年が間違ってましたね・・・ by 加藤さん）
- Author Contribution抜粋: T.H., together with K.H., has engaged in biochemical studies of muscarinic receptors for more than thirty years, prepared M2 and M2-T4L receptors, and wrote part of the manuscript
- 脂質キュービックフェーズ（LCP）法 （pdf注意）
- Nanobodyとは
- Nanobodyを使ったBrianたちの論文
- Jan Steyaertラボ
- DDM：n-dodecyl-β-D-maltoside
- LMNG:Lauryl Maltose Neopentyl Glycol. 開発論文はこちら （註：first authorが韓国人＆その人が韓国で独立した後もKobilka labとコラボを続けていたので韓国のグループって言ってしまったのですが、Wiconsin-Madisonのグループの間違いですね。。 by 加藤さん）
- NMRで見た研究
- Single Molecule FRET + TIRF
- iC++の構造論文（Nature筆頭論文その３）
- GtACR1の構造論文（Nature筆頭論文その４）
- 上記論文の新着論文レビュー
- Ron Drorラボ
- MD: MDシミュレーションのこと。ラボォ…さんによる解説記事
- ユーン：Yoon Seok Kimさん
- Akta
- Fab
- AMED-BINDS
- 京大の岩田先生
- ChRmineを最初にクローニングした論文
- Arch(eorhodopsin)
- NpHR(ハロロドプシン)
- 微生物型ロドプシンの作動メカニズムについての神取先生の解説記事
- λmax: 吸収極大波長
- blueのshoulderが下がる：長波長で活性化するロドプシンは短波長（青）でも活性化してしまうが、今回の改変体(rs)ではその傾向が抑制されていて、青でのイメージングとの組み合わせで有利。
- bioRxiv版
- さきがけを取った
- 加藤先生のアドバンスト理科
- Kalium rhodopsins
- John Spuditch
- クライオ電顕の原理の解説（吉川研）
- 井上さんのXCaMP
- Saturation Mutagenesis
- cpGFP:円循環変異
- GCaMPの最初の論文
- Roger Tsien
- カラーバリアント色々作ったり：業績集
- James Remington
- とコラボしてGFPの構造を解いた
- 構造ベースにYFPを作った：上記論文でやったT203の改変
- 中嶋さんのCell論文 (註：実験デザインというよりは結果の解釈に役立てている、という表現の方が正確かもしれません by 加藤さん)
- TRPV1のcryoEM論文
- David Juliusが取ってた
- Yifan Chengラボ
- 2018年にClass A GPCRのcryoEM ４連報 1 2 3 4
- にClass A GPCRのcryoEM
- GPCR のクラス
- ABCトランスポーターのcryoEM
- GPCR-Gタンパク複合体のcryoEM
- RELION
- cryoSPARC (註：cryoSPARCが他の人の作ったソフトを埋め込んでいると言っているのはちょっと誤りですね。。 by 加藤さん)
- 本郷のクライオ顕微鏡ファシリティー
- 地震で大阪の方ではやばいことになった
- 吉川先生
- しんどさ保存の法則
- Amyloid betaの論文
- bioRxivの赤血球論文
- 2015年 岩田先生のBand3の論文
- Cryo-Electron Tomographyでマウスのシナプスを見たプレプリント
- cryoETでミトコンドリア
- 蛍光を重ね合わせるcryoCLEM (Correlative Light and Electron Microscopy)
- Expansionさせる方法
- 耳の有毛細胞のtip linkをトモグラフィーで見たeLife論文
- eLifeのChandeliar細胞の論文
- 核膜孔複合体のcryoET
- ウイルスのcryoET
- ribosome（他構造含む）のcryoET
- 細胞骨格系のcryoET
- NTSR1-Gi1のCanonical と Non Canonicalクライオ構造論文（N筆頭その５）
- Sjors Scheresラボ
- AlphaFold2論文
- 時分割XFEL, TR-SFX/TR-SMX の解説 1 2(pdf注意)
- XFELとは
- 微生物型ロドプシンでまさに行われている
- ribosomeの時間分解cryo-EMはこちらなどが該当
- UniprotでAlphafold2の構造
- 構造生物学で糖鎖が良く見えているウイルスタンパク質の例
- 死の脳内表象について(pdf注意)
- dLight1
- GRAB-DAセンサー
- Lin Tian ラボ
- Yulong Li ラボ
- GCaMPがendogeneousなカルシウムを食ってしまう：これのFig S11とか
- Yusteがやってたoptogeneticsのonline meeting質問のシーン
- Rafael Yusteラボ
- Michelle Monjeラボ
- KR2の構造解析（N筆頭その２）
- の新着論文レビュー
- 神取研
- 木暮先生
- 2013年のNature Communicationsの論文
- 吉澤研
- データサイズのくだり（訂正）：1つのデータサイズは5,6TB、10人規模のラボだと全部で50,60TB、のイメージ
- MRC (Medical Research Council) の構造生物Division
- Reedbush
- 明楽さん
- かりごうさん回
- 井上さん回 1 2
- 稲垣さん
- 古川さん＠CSHL
- 田嶋さん＠Case Western
- IIISの学会
- 萩原さんの新着論文レビューの同時公開 (その時はお世話になりました by 萩)
Editorial Notes:
- なんか一人でベラベラ話していて、聞き直してみると非常に恥ずかしいですね。。穴があったら入りたい気分です。あと、ビタミンD不足で病院のお世話になった時は我ながらビックリしました。構造解析の比重は減らすと言いましたが、普通の構造解析の比重は減らす一方、dynamicsやin situでの構造解析は今後も続ける予定です（加藤）
- フェイク修論発表→本丸ねーちゃー、太陽の降り注ぐかりふぉーにゃでVitD不足、などなど、ついったー経由で仕入れていた武勇伝に関して突っ込むのを失念しておりやらかしたー (萩原)
- 思えば分子生物学にハマったのはK+チャネルのイオン選択性フィルターがK+より小さいNa+イオンを透過させない仕組みに感動したのがきっかけでした(宮脇)
