Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました（11/4収録）
Shownotes:
- 1st著者Bipartite 論文 Kitazawa et al., Nat Genet 2021
- バレレットの発生について1st 著者としての総説 Kitazawa et al., Curr Opin Neurobiol 2018
- 最初期遺伝子、Immediate early gene (IEG)
- ニューロ、エピジェネティクス、クロマチンについて総説たち 1 2
- ChIPseq、抗体を使って特定のタンパク質と相互作用のあるゲノム領域を同定
- H3K4me2= パーミッシブにアクティブなマーク
- H3K27ac=強く転写アクティブ
- H3K27me3=ポリコーム (Polycomb) 依存の抑制性マーク
- ポリコーム、エピジェネ修飾を行うタンパク質ファミリー。名前の由来は変異体の形質から。
- ATACseq、トランスポゼースを使ってオープンなクロマチンの存在するゲノム領域を同定
- 今までよく言われていたポリコーム・バイバレント(bivalent)→H3K27me3とH3K4meの共存
- 今回発見したポリコーム・バイパタイト(bipartite)→IEGのプロモーターがH3K27acでアクティブ、ジーンボディーがH3K27me3抑制性
- クラウンチングスタートのFMIプレスリリース
- Nature NeuroのEditor陣
- JST創発的研究支援事業、破壊的イノベーション？
- エングラム細胞のシステムスコンソリデーション中のステートシフトの論文、レビュー 1 2
- リアルエングラム仮説についてレビュー、ジョセリン＆利根川
- 再活性化されてこそエングラムという前提でのレビュー、ジェノミクスの観点から
- BICCN回はこちら
- 投射細胞発生に関してジャボドンBioRxiv、最近Natureに出ましたね。リバイス3年半。。。
- ムルシックフローゲルのV1投射論文
- キャロッサル：対側投射
- IEGのヘテロ性に関して、例えばこれ
- ヌタウナギのエンブリオの研究ができるのは世界中でRIKEN倉谷研究室だけ。参考文献 1 2 3 4
- エピジェネティックな記憶とかDavid Allisのレビュー
- グリーンバーグのYap et al., Neuron 2018 レビュー
- Li Huei Tsaiのところのリーセント記憶エングラム・エピジェネティック論文
- HDAC2論文
- エンハンサーのモチーフ解析から転写因子を同定するアプローチ。FMIで開発したパイプライン
Editorial notes:
- うちでピザ食べながら録ったんですが、今後もin-person収録定期的にやっていきたいと思いました。ただ欠点もあって、近くにマイク２本立てた事によるカブりの処理に一苦労。指向性高めのマイクじゃないと厳しいな…買うか(萩原)
- 休憩でピザ食べ過ぎて苦しかったぜ。しゃべり続けるのって大変なのね。 (北沢)
- スイスピザ美味しそう。。Part 1聞いてる時はまさかここまでエングラムの話題になるとは想像していませんでした（１リスナー並感）。in-person収録やってみたいですね〜 (宮脇)
