Brain Initiative Cell Census Network (BICCN) のNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました(10/10収録)
Shownotes:
〇雑談パート
- トム:Thomas Mrscic-Flogel
- マイケル:Michael Hausser
- Wyss Center
- SfN: 2021年の北米神経科学会、11/8-11開催だが in person meetingの中止を10/8に発表、現状(10/10)リファンド無し
- 11月以降に(ポリシーが)変わる
- 沖縄での学会の要旨提出:去年は2月上旬締切
- アメリカのブースター:3回目は接種完了半年じゃなくて8カ月後から、全員ではなく感染リスクが高い職場で働く人、でした汗
- 人類最前線:HFSP のpostdoctoral fellowship
- さいとーさん
- HFSPでのさいとーさんの提案
- Feng Zhang ラボHP
- FMIでの仕事の例
- 苅郷さん
- 五十嵐さん
- 10/20 に出る実験医学
〇The Allen Instituteとは
- この前Natureに出たBrain Initiative の Cell Census Network
- PIEZOとかTRPVのノーベル賞
- Allen Institute(全部)
- Paul Allen
- Mesoscale Connectomeの仕事
- 深海調査・武蔵の回収
- Allen Institute for Brain Science
- Allen Institute for Cell Science
- Allen Institute for Immunology
- Allen Institute for Artificial Intelligence
- Semantic Scholar
- Allen NLP
- Allen Institute for Neural Dynamics
- マウスラインですらCell (Tigre2.0)
- Allen InstituteのMouse Line一覧
- DevlopmentalなISH
- Ai9 と Ai14
- Rosa26を使いましょうの論文 2010Madisen et al NN
- ISH Brain Atlas
- Connectivity Atlas
- Cell type database
- Brain Observatory
- Ca Imaging: Saskia de Vries 2020
- Neuropixels: JH Siegel et al. 2021
- Observatories of the mind Christof Koch & R. Clay Reid 2012 “Neurophysiologists are more likely to use each other’s toothbrushes than each other’s data and software”
- Tasic 2016
- Tasic 2018
〇BICCNイントロ
- ベン・バレス
- ハラッサ
- マレンカ
- A Rosseta Stone of Neuroscience
- Common Coordinate Framework
- Silvia ArborのNatureでのCommentary
- BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図(このページの下の方)
- BICCNやってる人たち一覧
〇17報の論文:並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変
- Flagship paper:Motor cortexの論文群をまとめたやつ。A multimodal cell census and atlas of the mammalian primary motor cortex とりあえず全容をつかみたい人向け
- Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ50万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付け
- AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっている
- SNARE-seq:同一細胞から直接RNAとアクセシビリティを読む手法
- Allen Instituteが見つけてきたエンハンサー
- SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。
- CH-DMG:differentially CH-methylated genes (Mってなんだっけはやばい発言だった…)
- CG-DMR:CG-differentially methylated region
- sn-m3c-seq
- Eckerはもともと植物
- のぼりさん
- UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq
- シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISH
- Mrsic-Flogelが視覚皮質で示している
- ジャボドンはこの2本をさらに発展させている その1 その2
- MERFISHが(脳で)動くよの論文
- FISSEQ
- BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq
- Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル(主に側頭葉の一部)
- CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。
- Mouselight
- 2p-fMOSTの初出? micro-optical sectioning tomographyでMOSTなので、撮像方法は2pだろうがconfocalだろうがなんでもいいらしい。勘違いしていた。 reviewはこれがよくまとまってる
- Pavel Osten の仕事
- BARseq
- HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。
- MORF (mononucleotide repeat frameshift) っていう、レポーターの方で、フレームシフトが起こったときにだけ発現が起こる仕組み
- Claustrumのminiscope
- SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング&メチローム:Epi-retro-seq
- CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話
- Josh Huangがこれまでやってきた仕事、例えばこれ
- カルテクのPachterがSMART-seqでフルレングスのmRNAを読んで細胞種ごとのIsoformを見ようと。
- UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network:大脳皮質-基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが6つのサブネットワークに分かれる
- dorsal striatumを29個に分けた前報:The mouse cortico-striatal projectome
- UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較
- UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq
- BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた
〇BICCN関連のデータリポジトリ
- NeMO: Neuroscience Multi-Omic Archive sc/snRNA-seq, sc/sn ATAC-seq, snmC-seq2のデータ
- BIL: Brain Image Library 投射先トレーシングとかのデータ
- DANDI: Distributed Archives for Neurophysiology Data Integration in vitro ホールセル記録データ
〇アフターディスカッション
- Brain/MINDS
- Jim Berg
- Toliasのと一緒に出てたAllenから出てたGouwens et al.
- Blue Brain Project
- BBPのドキュメンタリー in silico についての記事
- Ed LeinのAltzheimerグラント
- IBL
- NatureのEditorが色んな人にインタビューしてた記事
- Movshon vs Seung
- I am my connectome
Editorial notes:
- 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原)
- Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第4回、Spatial Transcriptomeについて扱った第5回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇)