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#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience

Posted on by neuroradio.tokyo

Brain Initiative Cell Census Network (BICCN) のNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました（10/10収録）

From Brain Initiative Cell Census Network, biorRxiv 10.1101/2020.10.19.343129v1 (2020)

Shownotes:

〇雑談パート

〇The Allen Instituteとは

〇BICCNイントロ

〇17報の論文：並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変

  1. Flagship paper：Motor cortexの論文群をまとめたやつ。A multimodal cell census and atlas of the mammalian primary motor cortex とりあえず全容をつかみたい人向け
  2. Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ５０万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付け
  3. AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっている
  4. SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。
  5. UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq
  6. シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISH
  7. BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq
  8. Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル（主に側頭葉の一部）
  9. CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。
    • Mouselight
    • 2p-fMOSTの初出？ micro-optical sectioning tomographyでMOSTなので、撮像方法は2pだろうがconfocalだろうがなんでもいいらしい。勘違いしていた。 reviewはこれがよくまとまってる
    • Pavel Osten の仕事
    • BARseq
  10. HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。
  11. SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング＆メチローム：Epi-retro-seq
    • Cre依存的に核膜に蛍光タンパクとmycタンパクを発現するマウスINTACT
    • AAV-retro：逆行性に飛ぶAAV
  12. CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話
  13. カルテクのPachterがSMART-seqでフルレングスのmRNAを読んで細胞種ごとのIsoformを見ようと。
  14. UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network：大脳皮質-基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが６つのサブネットワークに分かれる
  15. UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較
  16. UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq
  17. BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた

〇BICCN関連のデータリポジトリ

〇アフターディスカッション

Editorial notes:

  • 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原)
  • Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第４回、Spatial Transcriptomeについて扱った第５回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇)
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