シーケンシングによって(神経)細胞の繋がり方・投射様式を調べる方法について。Zadorラボから報告されているMAPseq等の手法を一通りおさらいした後、Quintanaラボから報告されたRABID-seq論文を紹介。(収録:5/15)
From Kebschull et al., bioRxiv 10.1101/054312v2 (2016)
Show notes:
論文紹介
- RABID-seq: Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation
- MAPseq論文: High-Throughput Mapping of Single-Neuron Projections by Sequencing of Barcoded RNA
- BRICseq論文: BRICseq Bridges Brain-wide Interregional Connectivity to Neural Activity and Gene Expression in Single Animals
- BARseq論文: High-Throughput Mapping of Long-Range Neuronal Projection Using In Situ Sequencing ２はこちら
- SYNseq論文: Using high-throughput barcode sequencing to efficiently map connectomes
- 最初のオピニオン論文: Sequencing the Connectome
- Anthony Zador: ラボHPはこちら
- Brainbow: 確率的に起こる組換えを利用して各細胞毎に別々の蛍光タンパク質の組み合わせを発現させる手法。今井先生たちによるtetシステムを用いた高輝度多色発現版も参照のこと
- Justus M Kebschull: ラボHPはこちら
- 小脳核の論文: Cerebellar nuclei evolved by repeatedly duplicating a conserved cell-type set
- Allen InstituteのMesoscale Connectome: データベース と 論文
- Ventral CA1とかEntorhinal Cortexでの応用:
- 第五回のエピソード: In Situ SequencingやPadlockについて解説しています:
- Zadorのトーク: 該当部分は16:40- 関係ないけどStriatumの仕事のトーク（裏話を含む）も面白い
- Francis Quintanaラボ
- Paperpile: 文献管理ソフト。
- 引用されていない先行研究: VHDBはこれが初出？
- EAE: 中枢神経組織に対する免疫を作ることにより生じる脳炎。Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein (MOG) の一部のペプチド配列、アジュバント、百日咳毒素のエマルジョンを打ち込むと14日で誘導できる。多発性硬化症のモデルとしてよく用いられる。ちゃんとMultifocal&Randomだそうです。
- 多発性硬化症(MS):神経変性疾患の一種。詳細なメカニズムは不明だが、Autoreactive T lymphocyteが原因で脱髄が起こることが特徴。
- 田坂さん: エルサレムでポスドクをされていた田坂元一さん aka 戦場ポスドク
- 川島さん: ワイツマンの川島尚之さんのこと
- Carandiniの学生の論文
- 2015年のRoska研のScience
- 米原さん: Dandrite, 遺伝研の米原圭祐さん
- GFAPは一部の集団: たとえばこれ
- グリアデコーディング
- CBSの新PI: 長井淳さんのこと
- Beth Stevensの論文: https://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(12)00334-0
雑談
- Audible: Amazonのオーディオブックサービス
- The Code Breaker: ダウドナを中心としたCRISPRに関わる人々の話。ウォルター・アイザック著。
- DeisserothのProjection
- Blanco Weiss
- HFSPは今年早い: 5/26(米国東海岸時間)に申請開始締切、5/27に申請締切
- すまかむらうで etc: 学位を取る時のラテン語、ラテン・オナーズ
- 斎藤さん: Feng ZhangラボのMakoto Saitoさんのこと
- 宮道さん: 宮道和成さんのこと
- LancetになったイスラエルMoHの論文。特に65歳以上では無症候感染への効果は<90%なので、まだしばらくはuniveral maskingは有効だと個人的には思うのですが…。
- 5G繋がる: ワクチンを打つこと (*なお副反応と免疫獲得には相関はないようなので、saline control(爆)でない限りは問題無いようです)
Editorial notes:
- 大きいFigは迫力がありますがレジェンドの可読性が低いのが難点ですね（宮脇）
- この収録後、来年はもう出せないことがわかり、半日でHFSP書きました。。。ちなみに「マスクをしろというのは、日本人にとっては家の中で靴履けっていわれるのと似てる」というついーとをみてなるほどーと思ったり。夏がダメだったり、セロリが好きだったりするようなものか。(萩原)
