#92 Researchat

Klecknerラボ、この秋からUMass アマーストで独立予定、Researchat.fmのTadasu Nozaki (@tadasu443)さんがゲスト。大学の近況、ジョブハント経験談、独立後の研究の方向性、染色体ペアリング馴れ初め、授業計画、遺伝研での生活について (5/25 収録)

Show Notes:

• Researchat.fm
• Klecknerラボ … Nancy Klecknerは本当に偉大な研究者だと思う。一緒に仕事できてよかった (tds)。
• 博士の時の代表的な仕事 1 2 …前島先生、そしてたくさんの方にお世話になりました(tds)
• ポスドクの仕事：Rapid homologue juxtaposition
• tadasuの留学紀
• 五十嵐さん回 1 2 3 4
• の就活ノート … 本当にすばらしく参考になりました 。ありがとうございました。(tds)
• 安田さん回 … 背中をおしていただいた回。Ryoheiさんの「アメリカで研究続けるの？」というストレートな問いに、NRの二人がもにょっているのがいい (tds)
• Jeff Lichtman … 名前ど忘れ&読み方分からなかった… (tds)
• NeuroRadio聴いたほうが良いっすよ … 本当にNRの人気が高い (tds)
• 留学生受入資格停止か？
• 一時的に大丈夫
• ハンナグレイフェローシップ辞めるか否か
• コロンビアは謝ったけど結局予算止まっている
• リーマンショックの時より財政状況が良くない
• 永島さんラボ
• Stadtman
• UMass Department of Biology … tadasuの就職先
• ハエはテストチューブ、山本さん回 1 2
• キバハリアリは染色体が１本 … 遺伝研今井先生の研究
• アリとかハチは半倍数性
• シダの一種だと1000以上 … Ophioderma pendulum L (n= c. 630) Ninan 1958 Cytologia, 日本メンデル協会のキトロギアから出版されていた。
• ウチダザリガニ300とか … 2n=376 by Niiyama
• カモノハシはXY染色体はたくさん … X₁,X₂,X₃,X₄,X_5, Y₁,Y₂,Y₃,Y₄,Y₅
• ホエザルの性染色体
• クモの性染色体
• Trillium (ブルワリー)
• エンレイソウ
• 北大の校章
• 相同ペアリング中の染色体の絡まり
• コムギは85%がリピート
• 染色体のばらつきと適応度  … 折角ふっていただいたのに、適当な議論だったかもしれないと反省。帰国後、やっと読むことができた鶴崎先生のご著書の中で、ザトウムシと染色体のばらつき、適応度、移動性に関する議論がしっかりされていた。もうちょっとよく考えたい。鶴崎先生のザトウムシ本、面白すぎるので皆様にぜひ読んでいただきたい (tds)
• Hi-C
• dCasでのラベリング
• 石黒さん
• CloneSelect
• 齋藤さんNR出演回 1 2 3
• 前島ラボ … 前島先生には本当にお世話になりました。世界最高峰のクロマチン・染色体研究ラボの一つだと思いますのでご興味がある方はぜひ訪問してみてください(tds)。
• 30 nm ファイバーはアーティファクト、2008年論文、2012年論文1、2012年論文2
• 少数性生物学 … あまりにも最高すぎてよかった。未だに少数性について考えている。少数性reunionやってほしい。今ならいろいろ議論できることもありそう。(tds)
• 永井先生
• ディクティの面白い生態 … このニュースレターのP.17で堀川先生が議論されている、細胞何個で子実体ができるのか問題。実はディクティは減数分裂に非常に重要なSpo11とRec8というタンパク質のホモログを持っておらず、その実態は謎に包まれている (tds)。
• Denoisingの論文
• 平岡先生
• Horsetail Movement論文
• 分裂酵母と出芽酵母の減数分裂方法の違い … 分裂酵母は染色体が少なくてみやすい。が、真核生物で広くみられるsynaptonemal complexがない（似たような構造はある)。そして、crossover interferenceも分裂酵母にはない。出芽酵母にはsynaptonemal complexとcrossover interferenceの両方がある。組換えの分子メカニズムは良く保存されている。
• 岡田先生
• 野地先生
• 少数性生物学トレーニングコース … 最高だった(tds)
• Woods Hole MBLのトレーニングコース
• AlphaFold3のコード公開に関するゴタゴタ
• DDBJ
• アメリカの気象情報が無くなる？
• Cas9と配列は似てないが構造が似ているもののスクリーニング … LLMで生成してAlphafoldで予測、その中から良さげなものを人力でチェック！といいつつこれも一年前の論文なのでその後の動向をチェックする必要がある。50%ではなかったかも…
• Foldseek
• Jerry Chenの論文
• について扱ったNR回
• 浜ホトのORCA-Quest (最新型の2)
• ORCA-Fusion BT
• AndorのiXon EMCCD
• ORCA-Flash (最新型の4 v3)
• W-View Gemini
• 木下Jr: 安田さんの大学院時代の指導教官、故・木下一彦氏
• Gemini を使った仕事(再掲)
• ScanImage
• 8個同時パッチ in vitro のコンフィグレーション
• 酵母のTetrad dissection
• GitHubをラボノートにする
• リサーチャット蛇口回
• Towards an understanding of the mechanism of heredity by Whitehouse … 読み比べた中では、メンデルからChromosome theory, crossover, linkage, mutation, geneまでの導出がすばらしい。クセが強すぎるのは間違いないが、遺伝学は実験に裏打ちされた論理的推論の学問であることを感じさせられる。論理的推論による遺伝学の研究系譜をちゃんとまとめたい (tds)。
• A history of genetics by Sturtevant 
• PierceかGriffiths の教科書が、一般的なものの中では良さそう (tds)。
• 物語　遺伝学の歴史 … 宮脇書店をぶらぶらしていたら見つけた平野先生の本。本当に内容がすばらしい。参考になるとおもったら上記のSturteavantの本を一部参考にしているとのことでした。入門として、そして研究者にも知識の整理としておすすめの本です。京都大学吉川秀夫先生の解説もとても参考になった(tds)。
• 遺伝 … 1947年刊行。遺伝学普及会が作成している(隔？)月刊誌。某大学でバックナンバーを読んでいる。あまりにもおもしろすぎてまだ遺伝研が設立(1949)する年まで到達していない。遺伝学者がこれだけ自由闊達に議論している長期雑誌は世界にも類を見ないのではないだろうか。日本帰国時にちまちま読んだとして、最新号に到達するまで何年かかるのやら…1948年のどこかに書かれていた東北のあっぴ様（方言であひるらしい）という短脚の家系に関する調査はあまりにもおもしろくて圧巻だった。ルイセンコ騒動下の議論も生々しい。いつかセレクション集をつくりたい (tds)。
• 菅野さんNR回
• 小さいオンラインセミナーMAYosis 2023 … 小さいといっても参加者は数百人(?)ぐらい。このセミナーで私の研究の話を初めて聞いたという人も多く感謝している。運営の方々に感謝です (tds)
• COSYNE
• 遺伝研
• 総研大
• Vanderhaeghen lab
• 岩田さん
• 鐘巻ラボ
• 西村さん
• 渡瀨 成治さん
• Feng Zhang
• Florian Engert
• Job Dekker
• 遺伝研が主催している研究会
• 生理研が主催している研究会
• 所長が近藤先生に
• Nikon Shonan Biolab
• 東海ヒット
• 岡大の教授に … 安齋先生
• 米原さんNR回 1 2
• 萩原さんが上げていた写真
• 元いたラボ
• Yachieさん
• PRML
• 極地研
• Nicholas Bellono … あまりにもジョブトークがすごすぎてひっくり返った。人生で聞いた中で印象に残っているプレゼンの一つ (tds)。
• Josh Sanes
• Chalk Talkについて書いてた
• の元論文
• バーバラ・マクリントック(pdf)
• Whiteheadの山下さん
• 登さんNR回 1 2
• 買った本
• The Black Academic’s Guide Tenure-Without Losing Your Soul
• At the Helm
• Worcester
• クラーク博士との関わり
• 新島襄とAmherst (pdf)
• アマースト、アムハースト、アーモスト問題
• 最初の「最底辺の就活」という言葉 … この部分は使われないと思っていたためにぽろっと言ってしまった言葉。切ってほしいが切るとそれはそれでおかしくなりそうなのでそのままにしてもらっている。気分を悪くされた方がいたら申し訳ございません。コネなし、論文なし、分野的なキラキラさもなし、アメリカの学位なし、学位取得後10年が近い、英語最悪、の状態での就活の意味。もっと大変な就活はたくさんあるぞ！とのご意見はあると思います。テクニック的な部分(RSの書き方や、CVの書き方、カバーレターの書き方、リファレンスレターのいただき方)はあまり話せなかった。就活が進みそうで進んでいないときにある人からR01 or R35のESI (Early Stage Investigator, 学位取得後10年以内)を取れる人をまずは採用するからポスドクやりすぎたら誰も取らないよ、といわれて凹む。実際にはどうなるのやら。途中、スムーズに進んでるじゃないかという発言もありましたが、うまく行ったところだけ話しているので… 実際は2022/2023の途中から日本への帰国も考えた就活をしたがうまくいかず、結局運良くアメリカでポジションを得られたが、それもダメだったらおそらく厳しい結末になっていたであろう。ビザ的な問題もある。拾ってくれた大学に感謝したい。そして、後輩かつアメリカの就活の先輩としてアドバイスしてくれたダラスのTMPR氏にも感謝したい(tds)。
• Neuroradio … 最高のホストが繰り広げる最高のポッドキャスト。ホストのお二人に感謝申し上げます。色々大変だが、みんなで世界のサイエンスを進めていこう (tds)。
• ポッドキャストとテレ … 他のポッドキャストに出演するのは非常に恥ずかしく、テレもあったが、1.5ヶ月すればテレがなくなって音源を安心して聴けるという知見を得ました (n=1, tds)。

Editorial Notes:

• 私の不手際とテレで遅くなってしまい申し訳ありません。あまりにも緊張しすぎて支離滅裂な部分もあったかもしれませんがとても楽しかったです。またお話ししましょう。NRに出演するとちゃんとRCではなく、NRになることに感動した(マニアックすぎるかもですがわかる人はわかるということで)。それでは、ごきげんよう。(tadasu)
• このあと学部がeLabNextと契約を結びました (脇)
• 体の節々の筋肉痛が治るのにその後一週間くらいかかりました。どうでもいいけどSutton BartoがAmherstなのに気がついた(萩) <- それな(tadasu)